Cardinalul Martinnuzzi care, alături de Isabella, era tutore al fiului lui Ioan Zapalya, Ioan Sigismund, s-a înțeles cu habsburgii că le cedeze Transilvania. În octombrie 1550, cu ajutorul trupelor trimise de Ferdinand de Habsburg, asediază cetatea Alba Iulia în care se aflau regina Isabella, fiul său și contele Petrovici (celălalt tutore al lui Ioan Sigismund).
Cronicarul Verancsics scrie că Martinuzzi a asediat cetatea cu 24.000 de oameni din care 16.000 de cavaleri și 4000 de pedestrași. Isabella avea în cetate 2000 de soldați. Cetatea a fost înconjurată și atacată cu mașini, au fost aduse și bombarde.
În 20 noiembrie se ajunge la o înțelegere între părți, Martinuzzi ocupă cetatea iar regina Isabella cu fiul său și cu Petrovici se retrag la Sebeș.
Timp de 4 ani (1551 – 1555) generalul austriac Castaldo conduce Transilvania în numele lui Ferdinand în timp ce Isabella și Ioan Sigismund sunt obligați să plece în Polonia.
Drept „răsplată” pentru sprijinul dat cardinalul Martinuzzi va fi asasinat în castelul său din Vinţu de Jos, pe 16 decembrie 1551, din ordinul generalului Castaldo.